Праздник впервые стал отмечаться во время празднования 275-летия Российской академии наук.
Этот праздник приурочен к дате основания Российской академии наук, учреждённой по повелению императора Петра I указом правительствующего Сената от 28 января (8 февраля по новому стилю) 1724 года.
В СССР День науки отмечался в третье воскресенье апреля и так как в 1918 году между 18 и 25 апреля Ленин составил «Набросок плана научно-технических работ», что явилось фактическим признанием Советами науки. До сегодняшних дней многие научные коллективы отмечают День науки «по старому стилю» то есть в третье воскресенье апреля (в 2012 году праздник выпадает на 15 апреля).